以深水道馆微目标的小乐一行人，在先后战胜了超级暴鲤龙和超级胡地之后，他们接下来会解开其中的秘密吗。
正在地上的暴鲤龙同样被小涛收回了神奇宝贝球，众人在仔细的观察着周围的石像的时候，突然前方出现了一片大屏幕。里面播放的视频正是小涛的父亲。
小涛的父亲穿着白大褂，身后全都是用来实验的仪器吧，带着象征着学问的眼睛，看上去很是斯文。
"小涛，当你看到这个视频的时候，那么你就一定没有让我失望，成功的通过了我的考验。"
小涛的父亲一边说着，一边流着眼泪。
"想必你也应该知道，父亲作为神奇宝贝研究家，不得不长期和你们分开，我相信你也能原谅父亲。"
"接下来，我希望你能够完成我未完成的梦想，寻找超进化的秘密。"
小涛的父亲一边说着，一边解释着超进化的秘密。果然小乐他们没有猜错，如果训练家没有和神奇宝贝形成羁绊，或者羁绊不够深的话，就容易产生错误的邪恶进化。
小涛的父亲在视频中又说明了他们研究的伪超进化石，能够讲众多的神奇宝贝能量收集在一起，同时在战斗时候瞬间释放，来达到超进化的目的。
小涛的父亲在视频中演示着伪进化石的操作方法。他收集了火球鼠的喷射火焰能量，菊草叶的寄生**，小锯鳄的水枪能量。将三种能量混合在一起，注入到伪进化石之中。
有将启动伪进化石的钥匙放在了手腕上，成功了将超进化了暴鲤龙。
"原来石像里面存储的就是伪进化石的能量，怪不得没有训练家希望能够超进化。"
紧接着，他们对暴鲤龙的一切数据进行合理的测算，他们发现了其中巨大的隐患，接下来就是他们实验日记：
七月十一日
我们成功的储存了非战斗时的能量，伪进化石成功吸收了三分之一的能量。
七月***
成功的将伪进化石之中的能量释放出来，并且在实验仪器中获得了全部能量。
八月一日
暴鲤龙在对战的时候成功超进化，下边是一张暴鲤龙超进化的照片。
八月五日
越来越多的神奇宝贝通过伪进化石成功超进化。
八月七日
目前的伪超进化力量只能将已经进化至顶级的神奇宝贝再次进化，成功超进化之后，他们的身体，外貌，甚至是属性都会发生变化。
八月十七日
在一次实验之中，我突然观察到了，超进化的神奇宝贝的细胞正在加速燃烧，我猜测可能是超进化的能量能够加速神奇宝贝身体的损耗。
九月三日
我与我的伙伴形成意见分歧，我不同意将伪进化石的研究交给火箭队。面对着不成熟的技术原因，我虽然选择了拒绝，但是依然是势单力薄。
九月四日
我将我全部的实验数据保存到了地下实验室，并且将暴鲤龙的伪进化石储存在石像当中。
九月五日
正当我最后一次和他们进行实验的时候，通过伪进化石进化的神奇宝贝出现了邪恶进化的状态，或许我已经意识到了他们的目的。
面对着小涛父亲的说法，超进化的秘密虽然还没能全部解开，但是他们竟然能够掌控邪恶进化的力量。
"这件事果然和火箭队有关，我猜测你父亲应该是被火箭队抓了起来。"
"你们认识火箭队吗。"
面对着小涛的质疑，小乐陷入了沉思，手中摆弄着神奇宝贝球，思考着下一步的对策。
"火箭队，他们经常通过暴力的方式抢夺别人的神奇宝贝，曾经在超梦和急冻鸟的地方就见过他们。"
小涛很是感叹，他们竟然都和传说中的神奇宝贝交过手，火箭队究竟要干嘛呢。
"意图很明显，他们想利用伪超进化的力量，统治地球，我是不会让他们得逞的。"
四人聚在一起聊着应对办法，但是现在唯一有用的就是这实验室的一大堆的资料，或许只有真正的解决了超进化的秘密，才能够击败火箭队。
众人走出了研究所，好像全都是若有所思的样子，但是谁都说不好哪里的问题。
"接下来我们就要分手了，我们还是要祝你好运，最终一定能超越你的父亲，成为最棒的神奇宝贝研究家。"
"谢了，接下来我就要留在研究所了，我相信我一定能完成我父亲交给我的任务。"
众人在研究所门前分开了，三人又持续的踏上了旅程。
"出来吧，快龙。"
"你们说快龙的超进化会对他造成什么样的损害呢。"
"kuailong——"
快龙认真的听着小乐的讲话，不过好像并不关心，毕竟自己身为神奇宝贝，训练家才是他最亲密的伙伴。
小刚和小遥一时间也不能解答小乐的问题，不过这种神秘的进化力量一定有其中的缘由，只不过还没有被人们掌握而已。
想到了这里他们快速跑回了静安镇，他们想到了大木博士没准能够了解到超进化的秘密，于是打通了大木博士的电话。
"大木博士，你好，我们刚刚遇见了伪超进化的暴鲤龙，你还知道超进化的其他事情吗。"
"伪超进化？那是什么东西，我最近也是一直在和其他的神奇宝贝研究家们研究超进化的秘密，估计就快有成果了。"
"那您有成果了一定要提前告诉我哦，还有一件事，我的快龙也能够超进化了，而且没有用到超进化石。"
"kuailong——"
"是快龙啊，看上去很有精神啊，一定要好好培养啊。"
"我们也得知了一点点关于火箭队的事情，他们可能会利用这股超进化的力量来搞破坏，大木博士一定要留心。"
挂掉了电话，小乐他们并没有获得什么有价值的线索，看样子要想搞清楚超进化的秘密，还得好一阵子了。
以深水道馆为目标的小乐一行人，在经过了静安镇的时候，突然得知了伪超进化的秘密，接下来他们的旅行不仅仅需要为了自己的目标而努力，还有观察着火箭队的行动。接下来他们的旅行又会发生什么惊险的故事呢，我们拭目以待。