成吉思汗对这次对花剌子模的作战很满意，认为这是一次成功的侵略战。没到两年，比蒙古汗国还大的疆域，尽入自己的手掌中。
现在，这场战争就差首都撒马尔干了。只要占领了这个新都，这个曾经兴起于中亚的大国，就属于蒙古汗国的版图了。
察合台和窝阔台所属部队一来，攻取撒马尔干的军队数量又是大为增加，成吉思汗胸有成竹，他轻蔑地看着还在努力坚持的撒马尔干心里说：哼，看你还坚持多久！
撒马尔干真是不折不扣的世界名城，城市地盘特别大，城市防备设施完善不说，城墙高大而坚固，13万守城的将士就是难以逾越的屏障。
在各路大军聚齐之后，成吉思汗就命令部队再次攻城。由于城市特别大，成吉思汗的攻城军队把它围起来就很费劲，总显得军队数量还不够。但是，成吉思汗还是下令开始攻城。
于是，攻城的军队拿着各种攻城机械，亮着手里的武器，呼喊着奔跑着，这对于城里的人来说，是催命鬼的呼喊。预示着这座城市又要遭受侵略者极为残酷的蹂躏了。
正在这时，一队勇敢的守城将士，打开城门，举着各自手里的武器，冲向攻城的蒙古军队。后来，成吉思汗了解到，这是守城的阿勒巴尔汗带着守城将士的一次突击行动，意在鼓舞士气，给侵略者一次重创。
据说成吉思汗对这样的行动很赞赏，从军事角度来看，这种冲击对鼓舞士气很有意义。而且攻击往往是最成功的据守。现在，撒马尔干的守城将军带领军队出城，正在进行这样的突击行动。
但是，这样的行动也很容易激怒对方。看见城里的军队胆敢出城来战，成吉思汗马上组织军队进行抗拒。双方立即进行了一场决战。于是，双方立即发生激烈的战斗：蒙古兵想消灭出城者，出城者想给蒙古兵一个重创。一场激烈的搏斗引出的各种声音，使人胆战心惊。
战斗很快就结束，蒙古兵死了好多人，出城的将士也死了千余人，余下的都退回城里。
蒙古军重新攻城。成吉思汗被激怒了，他亲自督战，让自己的手下将士加紧攻城。
通过这次小型战斗，成吉思汗看出，驻守撒马尔干的军队还是有斗志的，其战斗力不可小觑。果然，强攻城池的战斗一连持续了几日，而距破城的时日也越来越近了。
眼看城里的守军人数越来越少，城里的食物越来越少，而蒙古兵的进攻越来越凶悍。眼看守军支撑不住了。这时，从城里突然跑出来几头大象，勇猛地冲向蒙古兵。
生长在草原上的蒙古兵从没见过这种动物，只见个头很大的动物，冲击起人们来那么凶狠，那么直接，而且毫不手软，大象用脚踩，用脚踢，用长长的鼻子往前拱，所到之处，留下一片狼藉。蒙古士兵有很多人，死于大象的
脚底下。
“赶紧射死它！”成吉思汗喊道。将士们赶紧用箭射它，可是箭头被大象厚厚的皮挡住，无法射透它的皮。这时，成吉思汗也着急了，大象射不死，攻城就无从谈起。
大象成了蒙古兵攻城的最大障碍。成吉思汗突然想到，用重箭也许能射穿它的皮。所谓的重箭，是耶律楚材发明的射箭技术，用射箭的机器，把箭射出去，射程比人工射箭要远，力道要大。
将士们猛然醒悟，赶忙用重箭来射击大象，重箭果然不负众望，一下便穿透了大象的皮，耀武扬威的大象一下受了伤，往城里跑去。获胜的蒙古兵追击大象，被紧闭的城门挡住了。
在城里守军看来，大象的作用如同现在意义的坦克。的确大象是撒麻耳干城里守军手里的王牌，估计大象一出去，就能把蒙古军杀得人仰马翻。
眼看大象受伤而回，撒马尔干的守军失去了继续战斗的勇气，他们紧闭城门，严守城池，再也没有出城来。大象是他们的杀手锏，现在大象都受了伤，将士们再也没有厉害的武器了。
成吉思汗心里有数，这时候是守军将士最为困难的时候。城池即将被攻破，继续战斗已无可能，向蒙古兵投降也心不甘，将士们进入难熬的心里煎熬当中。
谁都知道，在破城之后，成吉思汗将屠城，整个城市将成为废墟。一个好端端的历史古城，就要变成废墟。谁都不想见到这样的结果，那是灾难性的。
眼看一场灾难就要来临，这时候城里的伊斯兰教徒们坐不住了，这些教徒中有法官、掌教、绅耆人、还有普通百姓，他们聚在城中的清真寺里，商讨对策。结果，他们的意见趋向一直：若是城池受不住，不如打开城门，让成吉思汗进来。
于是，他们偷偷地打开城门出城去，要求见到伟大的成吉思汗。
见到威武严肃的成吉思汗，尽管他们也害怕，但是，为了全城人民，他们挺起腰杆向成吉思汗行礼。成吉思汗大致明白，他们是来请降的。但是，成吉思汗做出一番威严的样子，问道：“你们这时候到这里来，是什么目的？”
“我们是撒麻耳干城里的，是来向伟大的成吉思汗请降的。”
“哦？你们这时候来请降，太晚了吧？撒麻耳干就要破成了。”
“这我们知道，伟大的主告诉我们，不管什么时候，主都可以拯救人类。”
“让你们的主保佑你们吧，你们要我怎么做？”
“我们请求大汗，进城后不要大开杀戒，不要焚烧城里的房屋。”
“这个嘛，好吧，我记住了，就按你们的要求来。”
“但是，”成吉思汗一句话，让耶稣教徒的心悬了起来。“大汗的意思是??????”一个教徒问道。
“我不会放过与我为敌的人，如果你们认
为不妥，那你们白来了。”成吉思汗说着拉下了脸。教徒们互相看了看，最后无奈地说：“就按大汗的意思办吧。”
教徒们得到成吉思汗的保证，很高兴。他们为撒麻耳干的百姓而高兴。他们庆幸，他们为撒麻耳干的市民们做了一件大好事，起码挽救了很多人的生命。
于是，出现了奇怪的现象。蒙古兵源源不断地骑马进城，但是，他们却没有滥杀无辜，没有毁坏城里的设施，成吉思汗说话真的算话。
撒马尔罕城里就这样进入了蒙古兵。蒙古兵占领了外城。由3万多守军投降了蒙古兵。但是，阿勒巴尔汗带着其余的守军退入内城。他想借助内城顽抗到底。
成吉思汗让投降的和主动献城5万多人留住城内，将其余的统统赶到野外的空地上。一看这个情况，人们心里都害怕起来。因为据传说，成吉思汗是个杀人不眨眼的杀人魔鬼。
可是成吉思汗并没有大开杀戒，而是下令从里边挑选出工匠、艺人等。最后挑选出3万人。另外挑选壮丁3万人分配到自己军中效力。
但是，成吉思汗这个人复仇的心火是挺汪的。特别是对于抗击过他的人，他是不会放过的。成吉思汗进城后，对于抗击过他的人严加追究，把那些人全都杀了。
到了夜晚，成吉思汗嘱咐那些围困内城的人，要严加防范，敌人有可能乘夜色做文章。多年的军事斗争经验告诉成吉思汗，敌人是很狡猾的，越到危险的时候，越要小心。
果然，在当夜，内城守将阿勒巴尔汗率千余人冲出内堡，想杀出一条血路，想逃之夭夭。
双方发生激烈的冲突，那些要逃走的花剌子模将士被成吉思汗的军队打了回去。这使成吉思汗怒火升起，那些人临死还要挣扎一下。
第二天，成吉思汗下令把内堡围得水泄不通，加紧攻城。于是，双方箭矢纷飞，互相攻击。同时，成吉思汗命令加紧攻城。经过一番奋力攻击，终于攻破内城。
但是阿勒巴尔汗是个坚强的花剌子模英雄，他死也不投降，竟带着1000多将士逃进了一个清真寺里。连成吉思汗也被阿勒巴尔汗的顽强精神惊奇了。
成吉思汗下令，焚烧清真寺。这就是说，要把这个清真寺荡平！于是，蒙古军用火油筒焚烧清真寺。可惜，花剌子模的英雄阿勒巴尔汗，可惜那些1000多花剌子模英雄，与清真寺同归于尽。而后，成吉思汗下令，夷平花剌子模勇士们梦断的清真寺。这个清真寺从此从地球上被抹去了痕迹。
从此，成吉思汗经过战火剧烈的荼毒，彻底占领了撒麻耳干。
这个号称东方伊斯兰教中心的中亚名城遭受了巨大的破坏，原来10余万户的城市仅剩下3万余户居民。